- 大分子体系从头算多体展开方法(Many-Body)研究与改进
- 在大体系的量子化学计算中，Divide-and-Conquer(DC)方法是一种非常流行的线性标度方法。可是，当一个大体系被划分为小的子体系过程中，有两个非常突出的问题: 第一个是断键问题。当一个化学键系统被划分为小的...
- 宋国梁
- 关键词：量子化学
- “分而治之”方法构建复杂分子体系高精度势能面及应用
- 2023年
- “分而治之”是处理复杂分子势能面的一种快速简洁方案。本文介绍了近年来本课题组在这一领域的方法研究进展及相关应用研究。在新的组装势能面算法和数据库支持下,我们将复杂大分子势能面计算量降低到O(N1~2)次方的标度,并且计算精度接近DFT甚至CCSD(T)的水平。采用该方法,我们对两个不同的应用场景进行了测试。结果表明,高性能的组装势能面可以完成以往难以实现的大规模的分子结构搜索、稳定性分析以及新型分子结构设计等关键性任务。
- 宋国梁李振华
- 关键词：势能函数势能面
- 分子动力学模拟计算在通用图形处理芯片上的实现被引量：3
- 2008年
- 将在计算生物分子中广泛应用的CHARMM力场应用于Windows computer cluster server(WCCS)环境下,并实现了该力场及分子动力学模拟程序的通用显卡(GPU)并行计算.对一些多肽链的动力学模拟结果显示,与CPU计算相比,GPU计算在计算速度上有巨大的提升.与64位Athlon2.0G相比,在NVIDIA Ge-Force8800GT显卡上的动力学模拟速度提高了至少10倍,而且这个效率比会随着模拟体系及每块尺寸的增大而增大.模拟体系的增大使得GPU并行单元的计算空载相对减少,块尺寸的增大使缓存区尺寸相对减少,单块计算效率得以提高.在测试样本中,该效率比最高可达到28倍以上.利用GPU计算还对一条含有397个原子的多肽链进行了分子动力学模拟,给出了氢键分布随时间的变化结果.
- 宋国梁翁经纬李振华王文宁范康年
- 关键词：分子动力学图形处理芯片CHARMMCOMPUTERCLUSTER
- 高精度杂化密度泛函方法研究
- 针对中大体系的能量和电子结构计算,我们提出了一种将高精度的WFT方法和低开销的DFT方法相结合的局域杂化分块计算(LHDC)的DFT方法,该方法首先将整个体系划分为小的子体系,然后利用高精度的WFT方法能量对每个子体系的...
- 宋国梁
- 关键词：密度泛函电子密度
