宋洁洁 作品数:4 被引量:18 H指数:3 供职机构: 青岛农业大学生命科学学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 山东省高等学校科技计划项目 山东省自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 更多>>
珊瑚菜Gl4CL基因克隆与生物信息学分析 被引量:4 2017年 目的:对珊瑚菜(Glehnia littoralis)4-香豆酸:辅酸A连接酶(4-Coumarate:Coenzyme A Ligase,Gl4CL)基因编码区进行克隆及序列分析。方法:本研究在前期珊瑚菜高通量测序的基础上,利用c DNA末端快速扩增(Rapid Amplification of c DNA Ends,RACE)方法对Gl4CL基因全长c DNA序列进行克隆。对Gl4CL蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析。利用实时荧光定量PCR方法检测Gl4CL基因在珊瑚菜的根、叶中的表达情况。结果:Gl4CL基因cDNA序列全长1 951 bp,编码544个氨基酸,其中开放阅读框1 635 bp,5′非编码区153 bp,3′非编码区163 bp。生物信息学分析表明,Gl4CL蛋白大小约为59.481 k Da,等电点为8.20。Gl4CL基因在珊瑚菜的根和叶均存在表达,且在根中表达量显著高于叶。结论:本研究为进一步开展Gl4CL基因功能和遗传调控研究奠定基础,通过深入探讨Gl4CL基因的表达调控与木质素、植株生长表型等关系,有望获得抗病虫害、抗逆性强的北沙参高产优质品系。 宋洁洁 罗红梅 朱珣之 张玉 高婷关键词:珊瑚菜 基因克隆 生物信息学分析 浇灌臭氧水对土壤营养及韭菜幼苗生理特性的效应 被引量:2 2017年 以山东省高密市五龙河农场大棚韭菜和土壤为试验材料,对土壤进行浇灌1 mg/L臭氧水处理,通过测定土壤矿质元素、有机质含量和pH值及韭菜幼苗鲜重、干重、叶片叶绿素含量、根系活力和SOD活性等指标,研究臭氧水浇灌对土壤营养成分及韭菜幼苗生理特性的效应。结果表明,浇灌臭氧水可显著增加韭菜幼苗鲜重、干重及叶片叶绿素含量,说明浇灌臭氧水对韭菜幼苗生长具有明显促进作用;浇灌臭氧水后韭菜幼苗根系活力和叶片SOD活性显著增加,说明浇灌臭氧水可明显提高韭菜幼苗的抗逆性;土壤有机质含量的降低可能与臭氧水的氧化作用有关;浇灌臭氧水使土壤N、Ca及微量元素Mn和B含量显著降低,应适当补充相应元素,避免韭菜的缺素伤害。 王中新 易晓华 张弢 陆启环 宋洁洁 冯涛 杨洪兵 董春海关键词:土壤 臭氧水 生理特性 市售中药材冬葵子和苘麻子ITS2条形码鉴定 被引量:9 2017年 目的利用ITS2条形码序列对市售中药材冬葵子、苘麻子进行分子鉴定,以保证药材使用的正确性和临床药效。方法收集冬葵子、苘麻子及其3种混伪品样品共87份。对实验样品进行ITS2基因片段扩增并双向测序,利用HMMer注释方法获得ITS2序列,再经Codon Code Aligner 6.0.2拼接,使用MEGA6.0进行种内、种间变异分析,遗传距离计算并构建NJ系统发育树;将所得序列转换成二维码图片,扫描识读后通过中药材DNA条形码数据库进行验证。结果冬葵子和苘麻子外观形态相似;冬葵子ITS2序列长度232 bp;GC量为67.6%;苘麻子ITS2序列长度231 bp,GC量为54.1%,二者均无种内变异。冬葵子和苘麻子ITS2序列比对后长度为233 bp,共存在50个变异位点。鉴定结果显示,收集的56份冬葵子药材中26份均为苘麻子,剩余30份为正品。冬葵子和苘麻子与其他3个混伪品的K2P遗传距离为0.224~0.868,平均距离为0.630,种间遗传距离远大于种内遗传距离。基于ITS2序列构建系统发育树可见冬葵子、苘麻子及其3个混伪品各自单独聚成一支,ITS2序列能够明显将其区分;此外,使用二维DNA条形码扫描可准确验证5个物种。结论 ITS2序列能够成功鉴定冬葵子、苘麻子及其常见混伪品,为种子类药材鉴别提供了新工具;二维码技术与DNA条形码技术的结合可以为药材的基原物种提供准确唯一的二维DNA条形码信息,可更好实现药材市场的信息化监管。 高婷 辛天怡 宋洁洁 宋经元关键词:冬葵子 苘麻子 ITS2 珊瑚菜GlPS1、GlPS2基因克隆及表达分析 被引量:4 2018年 目的克隆珊瑚菜Glehnia littoralis补骨脂素合成酶(psoralen synthase,PS)基因全长cDNA序列,并进行生物信息学和表达量分析。方法在前期珊瑚菜转录组测序的基础上,筛选出表达量较高的2条PS基因GlPS1和GlPS2序列。利用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)方法对2个基因cDNA序列3’端进行克隆,DNAMAN拼接后得到基因全长cDNA序列,并对其编码蛋白进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法检测GlPS1和GlPS2基因的组织特异性表达。结果 GlPS1和GlPS2基因cDNA序列全长分别为1 885 bp和1 971 bp,编码495和502个氨基酸残基,蛋白相对分子质量分别为55 740.7和56 363.9,等电点为8.28和6.62,均属于细胞色素P450超家族,含有1个跨膜区,为亲水性蛋白。系统进化分析表明,GlPS1和GlPS2与伞形科欧防风Pastinaca sativa、旱芹Apium graveolens、大阿米芹Ammi majus PS蛋白亲缘关系较近。RT-qPCR结果显示GlPS1基因在根中表达量较高,在叶中表达量较低,而GlPS2基因在花中表达量较高,在根中表达量较低。结论首次获得珊瑚菜GlPS1和GlPS2基因的全长cDNA序列并进行了表达分析,为进一步开展珊瑚菜补骨脂素合成酶基因的功能和遗传调控机制研究奠定基础。 宋洁洁 罗红梅 马小晶 高婷关键词:珊瑚菜 RACE 组织特异性表达